Kyubey, una criatura felina, les ofrece un trato a Madoka Kaname y a su amiga Sayaka Miki: un deseo cumplido, el que sea, a cambio de volverse chicas mágicas y cazar brujas. Madoka tiene catorce años y llevaba una vida de lo más común en la ciudad de Mitakihara. La veterana Mami Tomoe les enseña en qué consiste el trabajo, mientras una estudiante transferida, Homura Akemi, le advierte a Madoka que no acepte. Este manga recrea la serie de televisión en tres tomos, con un capítulo por episodio.