Por el Japón del periodo Edo, la cazarrecompensas adolescente Yuya Shiina sigue el rastro del hombre que mató a su hermano. En el camino se cruza con Kyoshiro Mibu, un apacible vendedor de medicinas que comparte cuerpo con Demon Eyes Kyo, un temido espadachín sellado en su interior. Kyo solo quiere recuperar su propio cuerpo, y esa búsqueda arrastra a Yuya y a sus compañeros a un choque con el shogunato Tokugawa y con el sombrío y sobrehumano Clan Mibu.