Un más allá con forma de preparatoria recibe a Hideki Hinata, que despierta entre estudiantes convencidos de que el lugar es real y de que allí nadie se queda muerto. Pronto conoce a Yuri Nakamura, empieza a llamarla Yurippe y juntos traman la rebelión contra Dios. El manga se ubica antes de la llegada de Otonashi y desarrolla la parte de Track Zero: los primeros días que desembocan en la fundación del Shinda Sekai Sensen.