Los Alterados, personas con poderes, empezaron a aparecer hace doce años, cuando la supernova de Antares iluminó el cielo. Desde entonces los gobiernos los envían a una prisión insular llamada Isla D. Satoru Iida, un chico tímido cuya mano izquierda desintegra todo lo que toca, viaja hacia allá en un barco de traslado. En el camino conoce a Jin Kazaragi, un recluso de rango S que copia por contacto la habilidad de cualquier Alterado y que busca al hermano mayor del que fue separado. Ya en el barrio autogobernado de la prisión, Satoru queda envuelto en las peleas de Jin con los internos que lo odian.