El Bebop cruza un sistema estelar al que la humanidad huyó después de que la Tierra quedó arruinada, y a bordo van Spike Spiegel, exsicario, y Jet Black, su socio malhumorado, detrás de una recompensa tras otra. Completan la tripulación la estafadora Faye Valentine, la niña hacker Ed y Ein, un perro que carga datos en la cabeza. Cada capítulo es un encargo cerrado que se tuerce hacia tiroteos y humor negro. Este manga recrea en papel los casos del grupo en lugar de continuar el anime.