El líder del Culto de Mitama sacrifica a su propio hijo, Yukito Urabe, a la diosa a la que sirve, y el joven despierta siglos después en un futuro lejano y sin fe, donde el Estado Imperial ha borrado casi toda religión gracias a la ciencia. Cuando el régimen empieza a perseguir a los últimos creyentes, Yukito no tiene más remedio que recuperar su propia fe e invocar a Mitama para proteger a quienes lo rodean.