Dos meses después del atentado en el Nine Schools Competition, Tatsuya Shiba se ve arrastrado a la caza de Zhou Gongjin, el cerebro tras el incidente, que ha huido a la antigua capital de Kioto y se ha refugiado entre los Tradicionalistas. Su tía Maya Yotsuba envía a los gemelos Kuroba con una petición directa de ayuda, y Tatsuya y su hermana Miyuki viajan a la residencia de los Kudou, ahora el centro de la resistencia contra los aliados de Zhou, justo cuando Kioto se prepara para acoger el Thesis Competition nacional de ese año.