Rem ha quedado sumida en un sueño del que nadie logra despertarla, y con él se han ido su nombre y su lugar en la memoria de todos. Subaru Natsuki regresa junto a Emilia a la mansión del margrave Roswaal en busca de cualquier pista que pueda traerla de vuelta. La búsqueda los lleva hacia el Santuario, un refugio oculto creado por la bruja Echidna y enredado con la infancia sepultada de Emilia, y llegar hasta allí implica enfrentarse a lo que custodia sus secretos. Beatrice y el espíritu Pack completan el círculo cercano de Subaru mientras el misterio no deja de señalar a gente que todavía no termina de entender.