A Nagisa Shiota y al resto de la Clase 3-E de la Secundaria Kunugigaoka les quedan quince días de plazo para asesinar a su maestro tentacular, Koro-sensei. La película vuelve sobre el año que dejaron atrás con historias secundarias que la serie de TV nunca tuvo tiempo de mostrar: proyectos de arte, una unidad de natación, entrenamientos de asesinato y una subtrama de San Valentín, además de vistazos a lo que hace Koro-sensei cuando terminan las clases. En vez de avanzar la trama principal, llena los vacíos del último año de la Clase 3-E.