Un encargo para dar con el doble de un cliente sale mal y termina poniendo a Spike Spiegel, cazarrecompensas de la nave Bebop, en la lista de los más buscados por la policía. Entre identidades confundidas y traiciones, los cazadores pasan a ser los cazados y la tripulación queda metida en asuntos de la mafia espacial con Scorpion, el joven jefe de la Familia Dragon Head. Publicado antes que el anime, este manga cuenta una versión alternativa de Cowboy Bebop, con su propia continuidad.