Ichika Orimura ingresa a la Academia IS, exclusiva para mujeres, como el único piloto hombre capaz de manejar un traje de combate Infinite Stratos. Houki Shinonono, Cecilia Alcott, Charlotte Dunois y Laura Bodewig entrenan y compiten por su atención bajo la mirada de su instructora y hermana mayor, Chifuyu. Esta segunda adaptación al manga recorre el mismo material de la novela ligera que el manga publicado antes, con otro estilo de dibujo y otro ritmo.