Sousuke Sagara se transfiere a la escuela Jindai haciéndose pasar por un estudiante normal, pero en realidad es un soldado de élite de Mithril encargado de proteger en secreto a su compañera Kaname Chidori de quienes quieren el conocimiento que ella guarda como una de las misteriosas Whispered. Criado desde niño como combatiente, Sousuke no tiene idea de cómo comportarse como un adolescente cualquiera, y sus reacciones exageradas, desde revisar pupitres en busca de explosivos hasta tratar la clase de gimnasia como una operación hostil, desatan un caos constante alrededor de Kaname. Fuera de la escuela, la tripulación del submarino de Mithril y sus Arm Slave están listos para cuando las amenazas que Sousuke vigila se vuelvan abiertamente violentas.