Renton Thurston, un aburrido chico de catorce años que arregla tablas voladoras en el garaje de su abuelo, ve su rutina interrumpida cuando una chica llamada Eureka atraviesa el techo con un enorme mecha, el Nirvash typeZERO, pidiendo que se lo reparen. Prendado de ella al instante, Renton se las ingenia para subir a bordo de su nave, el Gekkostate, y empieza a entrenar como su mecánico y copiloto junto a veteranos como Holland Novak y Talho Yuuki. Este manga vuelve a contar la historia de la serie de televisión sobre Renton dejando su hogar para unirse a la tripulación de Eureka, condensada en seis tomos.