Paradox, un duelista desplazado en el tiempo, viaja al pasado para borrar el propio Duel Monsters y persigue a su creador, Maximillion Pegasus, con tal de deshacer el futuro que arrasó su mundo. Para detenerlo se unen tres generaciones de campeones: Yugi Muto, Jaden Yuki y Yusei Fudo, sacados cada uno de su propia época y reunidos por primera vez. La película celebra el décimo aniversario de la franquicia, y sus duelos centrales enfrentan a los monstruos insignia del trío con las cartas corrompidas y robadas de Paradox, en tres líneas temporales que terminan chocando en un mismo campo de batalla.