En un Mundo Digital tan superpoblado que colapsa bajo su propio peso, la computadora divina Yggdrasil pone en marcha el Proyecto Arca: eliminar a la mayoría de la población y reasentar a unos pocos elegidos en un mundo recién creado. Dorumon, un Digimon portador del raro Anticuerpo X, se convierte en blanco de los Caballeros Reales enviados a imponer la purga, y solo sobrevive a un primer encuentro porque el guerrero Leomon no logra asestarle el golpe final. Realizada íntegramente en CG en vez de animación tradicional, esta película independiente queda fuera de la continuidad de cualquier serie de TV de Digimon y sigue la huida de Dorumon por un mundo que se apaga.