El estudiante de secundaria Taiki Kudou llega por accidente a un Mundo Digital devastado por la guerra y encuentra malherido a Shoutmon, un Digimon menospreciado que aun así aspira a ser su rey, tras un enfrentamiento con el invasor Ejército Bagra. Taiki lo ayuda a recuperarse y forma Xros Heart, un ejército basado en el DigiXros, una técnica de fusión que combina Digimon en formas nuevas y más poderosas. Sus amigos Akari Hinomoto y Zenjirou Tsurugi llegan con él desde su propio mundo. Mientras Xros Heart resiste la cacería del Ejército Bagra tras los fragmentos de la Corona de Código, Taiki también se cruza con los generales humanos rivales Nene Amano y Kiriha Aonuma, cada uno al mando de su propio ejército.