En la futura ciudad de New Port, la Sección 9 de Seguridad Pública se ocupa de los casos que la policía no puede tocar: tramas terroristas, delitos corporativos, secuestros de cibercerebros. La mayor Motoko Kusanagi dirige al equipo sobre el terreno junto a Batou y al exdetective Togusa. El manga recrea episodios autoconclusivos de la primera temporada de Stand Alone Complex, una investigación completa por tomo, y deja el arco del Laughing Man a su manga secuela, The Laughing Man.