Homura Akemi lleva una vida luminosa y corriente en Mitakihara junto a Madoka Kaname, Sayaka Miki, Kyoko Sakura y Mami Tomoe: las cinco forman un equipo de chicas mágicas que mantiene a raya a unas criaturas llamadas Nightmares. La calma empieza a resquebrajarse cuando Homura repara en detalles que no cuadran, como los rostros borrosos de la escuela o una ciudad de la que ella y Kyoko no logran salir por más caminos que tomen. Este manga, dibujado por Hanokage, adapta la película de 2013 Rebellion.