La colegiala amnésica Saya Otonashi lleva años viviendo una vida tranquila en Okinawa junto a su familia adoptiva, incluido su hermano Kai Miyagusuku, hasta que un Chiropteran, una criatura parecida a un murciélago que se alimenta de sangre, ataca su escuela. Entonces aparece Hagi, un desconocido silencioso que asegura llevar tiempo buscándola, espada en mano, con la afirmación de que solo la sangre de Saya puede destruir a esas criaturas. Este manga adapta la misma historia del anime de 2005.