La popularidad de Masaki Taniguchi en su nueva escuela le gana el resentimiento de un compañero, que le manda encima a un grupo de alumnos menores; la pelea termina cuando una chica llamada Aya Orihata se mete y los ahuyenta. Enamorarse de ella arrastra a ambos hacia Boogiepop, la shinigami que persigue las tragedias humanas, y hacia la organización Towa que mueve los hilos detrás del incidente. Este manga adapta el arco VS Imaginator de las novelas ligeras de Boogiepop, mientras el agente sintético Spooky E y el Imaginator, capaz de alterar la realidad, se mueven contra la ciudad.