Utena Tenjou descubre un vínculo con su conocido de la infancia, Touga Kiryuu, y se ve envuelta en duelos por la mano de Anthy Himemiya, la 'Novia de las Rosas', dentro del mundo amurallado de la Academia Ohtori. La película reinventa esa historia como una continuidad alterna e independiente: los personajes de la serie de TV reaparecen con diseños y relaciones distintos, y los temas de adolescencia y control se llevan más lejos que en la serie. No continúa el anime, sino que lo reescribe por completo.