El estudiante amnésico de la Academia Tsukumihara, Hakuno Kishinami, sobrevive a un ataque sobrenatural repentino y forma un pacto con una mujer de rojo que se hace llamar Servant, convirtiéndose en Master y quedando atrapado en la Guerra del Santo Grial. Junto a compañeros como Rin Toosaka, Hakuno debe abrirse paso por los combates clasificatorios de la guerra mientras reúne fragmentos de una identidad olvidada. Este manga adapta la premisa del videojuego Fate/Extra de Type-Moon.