Hiroki Fujisawa, Takuya Shirakawa y Sayuri Sawatari crecen en un Japón de posguerra alternativo donde Hokkaido ha sido anexada por la misteriosa Unión, y allí se alza una torre colosal visible desde el resto del país. Fascinados por la estructura, los tres amigos se prometen construir un avión para cruzar el estrecho y llegar hasta ella, pero antes de lograrlo, Sayuri cae en coma y es enviada a Tokio para recibir tratamiento. Este manga adapta los primeros dos tercios de la trama de la película animada de 2004.