Souta Hatate puede ver 'banderas', las señales de las decisiones que marcarán el futuro de alguien, y ese es el poder que sostuvo la serie original If Her Flag Breaks. Esta segunda parte arranca después de que Souta salva el mundo virtual de la Academia Hatagaya y despierta en el mundo real, donde lo esperan las versiones reales de las chicas que conocía y una a la que nunca había visto. Souta decide proteger también este mundo, y las banderas vuelven a aparecer a su alrededor.