Cuando una agente de la Agencia de Bienestar Social desaparece, la asesina cyborg Triela recibe la orden de investigar. La pista la lleva directo al escondite del grupo rival, el Frente de las Cinco Repúblicas, y a un tiroteo para el que no está del todo preparada. Esta segunda temporada traslada el protagonismo de Henrietta a Triela, Claes y Angelica mientras la Sección 2 de Operaciones Especiales intensifica su guerra encubierta contra los separatistas de Padania. Continúa directamente la primera temporada de Gunslinger Girl.