Cinco jóvenes pilotos, Heero Yuy, Duo Maxwell, Trowa Barton, Quatre Winner y Chang Wufei, toman los mandos de sus Gundam para librar una guerra de guerrillas contra el control que la Alianza de la Esfera Terrestre Unida ejerce sobre las colonias espaciales del año AC 195. Este manga vuelve a contar desde cero la historia original de Gundam Wing e incorpora material de la precuela Episode Zero y de las novelas Frozen Teardrop para ofrecer la versión más completa de la guerra. Relena Darlian, hija de un político pacifista, se ve envuelta con Heero a medida que el conflicto se extiende por la Tierra y el espacio.