El Equipo Pokéamigos, el Chimchar de tipo fuego y el Piplup de tipo agua que alguna vez fue humano, se ve arrastrado a una crisis mayor que cualquier misión anterior: la Torre Temporal se está deteriorando, y el Pokémon legendario Dialga que la protege ha perdido el control de su poder y se ha convertido en Dialga Primigenio. Si el colapso no se detiene, el tiempo mismo congelará el mundo para siempre. Grovyle, el Pokémon acusado de robar los Engranajes del Tiempo de la región, se une al equipo cuando se conoce su verdadero motivo, y los tres parten a llevar los engranajes hasta la torre.