Con las cuatro naciones de Gamindustri unidas por un tratado de amistad que prohíbe quitarse Shares por la fuerza, Neptune pasa los días jugando videojuegos en lugar de gobernar, y las Shares de Planeptune, la fe de sus ciudadanos que sostiene a su diosa, se desploman por su culpa. Noire, Blanc y Vert mantienen sus propios países en marcha mientras le reclaman a Neptune su descuido, y las CPU y sus hermanas menores van tropezando con enredos cotidianos. Este manga es la adaptación oficial de Choujigen Game Neptune: The Animation.