Un archivo de 900.666 libros prohibidos, conocidos como Libros Fantasma, queda al cuidado del ex piloto de la Real Fuerza Aérea Hugh Anthony Disward cuando hereda la vieja mansión de su abuelo en la Inglaterra de posguerra. Quien custodia ese archivo es Dalian, una niña llamada la 'Princesa Negra de los Libros', y juntos investigan los incidentes que provoca cada tomo perdido. Este manga adapta la novela ligera original.