Catorce años después de su última aventura, el espadachín sin amo Jubei Kibagami se encuentra con Shigure, una sacerdotisa que nunca ha salido de su aldea aislada. Cuando unos demonios arrasan su hogar, Jubei se hace con la misteriosa Joya del Dragón y se convierte en blanco de dos clanes demoníacos rivales, los Hiruko y los Kimon. Junto al monje errante Dakuan y el joven ladrón Tsubute, emprende el viaje para proteger a Shigure hasta la aldea de Yagyu. Esta serie de televisión continúa la historia que empezó la película original de Ninja Scroll.