Un islote deshabitado de las Ogasawara se hunde de la noche a la mañana, y ese es apenas el primer indicio de que algo anda mal bajo el archipiélago japonés: así arranca el descenso de Toshio Onodera, piloto de un sumergible de aguas profundas, y del geofísico poco convencional profesor Tadokoro hacia la Fosa de Japón. Lo que encuentran en el fondo lleva a Tadokoro a una predicción que nadie quiere oír: buena parte de Japón quedará bajo el nivel del mar en unos dos años. Mientras los terremotos se intensifican, el gobierno corre contra el tiempo. Esta primera adaptación al manga de la novela original sigue la misma estructura de catástrofe en tiempo real del libro.