En esta versión alternativa de 5D's contada en manga, el misterioso Caballero Esqueleto secuestra a Sect, el amigo de Yusei Fudo, y obliga a Yusei a duelar para recuperarlo. Del otro lado, en Neo Domino City, el director Rex Goodwin monta el torneo D1 Grand Prix. Después de que Jack Atlas embosca a Yusei en Satellite, ese torneo se vuelve el camino de Yusei hacia la revancha con el campeón. Este manga sigue una continuidad propia, separada de la serie de televisión.