Enviados a una isla remota para eliminar a las fuerzas enemigas que quedan allí, el piloto de la Federación Amuro Ray y su unidad terminan varados cuando la misión encubierta sale mal. En vez de soldados encuentran a un grupo de niños refugiados en la isla y a un solitario mobile suit de Zeon que los protege, pilotado por un desertor llamado Cucuruz Doan. Amuro debe encontrar la forma de escapar de la isla mientras descubre qué es lo que Doan protege en realidad. La película retoma y amplía un episodio de 1979 del Gundam original que fue eliminado de su emisión en inglés.