Cincuenta años después de que la Tercera Guerra Mundial deje un cráter donde antes estaba Tokio, las ruinas contaminadas conocidas como Blackspot se convierten en el hogar de sobrevivientes que desarrollan extrañas habilidades llamadas Fragments, a quienes el mundo exterior, temeroso, etiqueta como "Needless". Cruz Schild crece ahí después de que su hermana mayor, Aruka, muere en un ataque, y oculta su propio Fragment mientras los gobernantes del distrito persiguen a quien se les resista. Lo que empieza como la lucha de Cruz por sobrevivir termina convirtiéndose en un choque más amplio entre los marginados del Blackspot y quienes intentan controlarlo.