Kamijou Touma y la monja Index se cruzan con Arisa Meigo, una esper de Nivel 0, justo cuando el ascensor espacial Endymion de Academy City está a punto de completarse y los magos empiezan a converger sobre la ciudad por culpa del pasado de la chica. El instinto de Touma de meterse en problemas ajenos lo arrastra de lleno a un choque entre ciencia y magia para el que ni Arisa ni los defensores de la ciudad están preparados. Este manga adapta la misma historia que la película Endymion no Kiseki.