Sakura Kinomoto ha pasado su primer año de secundaria en Tomoeda, con Syaoran Li de nuevo a su lado, capturando Clear Cards en blanco e intentando identificar a la figura enmascarada que hay detrás de ellas. Esa figura resultó ser Akiho Shinomoto, su amiga recién llegada al colegio, pero Kaito, el cuidador de Akiho, retrocedió el tiempo para que nadie lo recordara. A Sakura le queda la sensación de que algo pasó, y ni las cartas ni los planes de Kaito han terminado con ella. Esta continuación retoma la historia donde se detuvo la primera temporada de Clear Card, siguiendo el manga de CLAMP.