El estudiante de transferencia Minato Arisato llega a la preparatoria Gekkoukan y se ve arrastrado a S.E.E.S., un grupo de estudiantes que investiga la Hora Oscura, un período oculto cada noche en el que aparecen criaturas sobrenaturales llamadas Shadows. Al descubrir que puede invocar una fuerza interior conocida como Persona, Minato se une a S.E.E.S. para enfrentarlas y averiguar qué hay detrás de ese fenómeno.