Después de rescatar a su amiga de la infancia Michiru, Kojiro Kanemaki descubre que su difunto padre pertenecía al clan Uesugi y se une a su expedición a la isla de Awaji, donde una amenaza ancestral llamada Yamata no Orochi pone en peligro la región. Musashi, todavía lidiando con las debilidades que lo frenaron en la primera temporada, tiene que aprender a trabajar en equipo mientras la campaña de los Uesugi lo arrastra junto a Kojiro a una pelea mayor y más peligrosa. Esta segunda temporada continúa directamente la serie de TV original de Orient.