Una barrera misteriosa envuelve de golpe a Tokio y aísla la ciudad del resto del mundo bajo el nuevo nombre de 'Tokio Júpiter'. Ayato Kamina descubre al gigante biomecánico RahXephon oculto bajo la ciudad y lo pilotea para hacer frente a los invasores que intentan atravesar la barrera. Este manga cuenta su propia versión de la historia: cambia el tono introspectivo de la serie de TV por más comedia y desvíos con toques de fan-service protagonizados por el mismo elenco.