Tras recuperar el Sistema de Reversión Cósmica, la tripulación del Yamato se topa con una misteriosa facción llamada Gatlantis en el borde de la Gran Nube de Magallanes y queda bajo el fuego de su devastador Cañón de Ataque Directo de Llamas. La nave escapa hacia una dimensión irregular, donde Susumu Kodai encabeza un equipo de desembarco que llega a un planeta desconocido y encuentra allí una nave abandonada, junto con las respuestas que Mikage Kiryuu, oficial científica del Yamato, descifra en las inscripciones de sus paredes. Esta película se ubica dentro de la continuidad de Yamato 2199, justo después de la serie de TV.