Camino a un concurso Pokémon, Ash, Brock y Maya hacen una parada en Pueblo Álamos, una localidad ajardinada construida alrededor de las misteriosas Torres del Espacio y Tiempo. El tranquilo pueblo sufre de pronto una destrucción inexplicable y una niebla que se extiende mientras Dialga y Palkia, Pokémon legendarios capaces de alterar el tiempo y el espacio, se enfrentan cerca de allí. Atrapado entre ambos titanes está Darkrai, señalado como responsable del caos aunque en realidad intenta proteger en secreto a la gente del pueblo, entre ella la joven Alice y el excéntrico Barón Alberto. Este manga adapta la película homónima.