Ash y sus amigos llegan a Ciudad LaRousse, una urbe futurista que funciona enteramente con tecnología, donde conocen a Tory Lund, un chico que le teme a los Pokémon desde que quedó atrapado en una estampida durante una expedición polar de su padre, cuatro años antes. Deoxys, un Pokémon venido del espacio exterior, regresa en busca de su compañero perdido y atrae a Rayquaza desde la capa de ozono; para dejarlo afuera, encierra la ciudad tras una barrera de energía y empieza a absorber a sus habitantes uno por uno. La conexión de Tory con aquel incidente lo coloca en el centro de la crisis. Este manga adapta la película homónima.