El estudiante trasladado Yuuichi Tate llega a la Academia Fuka y descubre que está bajo el ataque de monstruos llamados Orphans, enfrentados por chicas llamadas HiME que manejan poderes elementales. Yuuichi descubre que es la Llave, la única persona capaz de desbloquear todo el poder de una HiME, no de una, sino de dos rivales, Mai Tokiha y Natsuki Kuga, lo que lo arrastra a su conflicto. Este manga cuenta su propia versión de la historia, con una trama distinta de la del anime de TV del que nació.