A Lupin III acaban de ahorcarlo por sus crímenes, o eso cree el inspector Zenigata, hasta que el cadáver resulta ser un señuelo y el verdadero Lupin reaparece bien vivo. El rastro lo lleva hasta Mamo, un recluso reseco obsesionado con la inmortalidad a través de la clonación y de reliquias antiguas, mientras Lupin intenta reconquistar a Fujiko Mine, incluso cuando un misterioso benefactor de ella mueve los hilos en la sombra. Lo que empieza como un golpe más se convierte en una persecución por islas secretas, agentes estadounidenses y la búsqueda de la Piedra Filosofal.