En un Tokio gobernado por el Sistema Sibyl, los inspectores Arata Shindou y Kei Mikhail Ignatov, de la Unidad Uno del Departamento de Investigación Criminal, ven quebrarse su vínculo por lo que cada uno entiende por justicia. Entonces Kouichi Azusawa entra en la Torre Nona de la Oficina de Seguridad Pública, hackea sus sistemas, libera a los criminales latentes retenidos allí, toma rehenes entre el personal y exige la renuncia del gobernador de Tokio. Separados dentro del edificio, los dos inspectores y sus Ejecutores tienen que recuperar la torre. Esta novela retoma la secuela animada que cierra Psycho-Pass 3.