La investigadora de la Federación Espacial Birdy Cephon Altera mata por accidente al estudiante Tsutomu Senkawa mientras persigue a un criminal alienígena en la Tierra, y lo salva de la única forma posible: fusionando sus cuerpos en uno. Los dos deben compartir cuerpo y rutina diaria, alternando el control entre la vida escolar de Tsutomu y el verdadero trabajo de Birdy: rastrear a la terrorista Christella Revi entre la política de la Federación y bandas criminales alienígenas que no dejan de invadir la vida cotidiana de él.