Un mago de diez años, Negi Springfield, llega a Japón para completar su entrenamiento haciéndose cargo de una clase de treinta y una adolescentes en una academia solo para chicas. Mientras oculta su magia, se acerca a la impulsiva Asuna Kagurazaka y se encariña con compañeras como Nodoka Miyazaki y Konoka Konoe. Este manga cuenta la historia de la continuidad del anime Negima!?, publicado mes a mes en paralelo con la serie en vez de adaptar el manga original de Ken Akamatsu.