Cuando Giratina arrastra a Dialga al Mundo Inverso paralelo, el pequeño Shaymin, un Pokémon Gratitud que hace florecer plantas por donde pasa, queda atrapado en el enfrentamiento entre ambos Pokémon legendarios. Ash, Maya y Brock lo recogen y tratan de protegerlo mientras el Equipo Rocket y Zero, antiguo ayudante de un científico que estudió a Giratina, persiguen al Pokémon con sus propios fines. Este manga adapta la undécima película de Pokémon.