Ash y su Pikachu llegan al pueblo de Michina justo cuando Arceus, el Pokémon legendario que creó el mundo, vuelve para castigar a la humanidad por una traición de hace siglos: la Joya de la Vida que le había prestado al pueblo nunca le fue devuelta. Dialga, Palkia y Giratina se interponen ante su furia, y Dialga envía a Ash y a sus amigos al pasado para descubrir qué ocurrió en realidad aquel día. Este manga condensa en tres capítulos la película número doce de Pokémon.