Cinco años después de los sucesos de la primera temporada, Jiro Hitoyoshi pasó de ser un agente leal de la Oficina de Superhumanos a un fugitivo buscado que combate a la organización a la que sirvió. En este Japón alternativo conviven alienígenas, espíritus ancestrales y héroes fabricados por el gobierno, y la historia salta entre el presente fracturado de Jiro y los años que lo llevaron a romper con la Oficina. Esta segunda temporada retoma la trama justo donde terminó la primera.